Abstrak
Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB) merupakan layanan yang berperan penting dalam seluruh dunia Protein Data Bank (PDB) dan kebijakan baru yang mempengaruhi deposisi data NMR biomolekuler. Semua deposisi PDB struktur berdasarkan data NMR sekarang harus disertai dengan hambatan eksperimental. Penyusunan skema memungkinkan deposan dalam menentukan struktur yang representatif dan penentuan residu dalam struktur tersebut sehingga ditemukan eksperimental yang sebagian besar tidak terstruktur. BMRB sekarang menerima koordinat set mewakili model struktural tiga dimensi berdasarkan data NMR eksperimen molekul kepentingan biologis yang berada di luar pedoman dari Protein Data Bank (yaitu, molekul adalah peptida dengan 23 atau lebih sedikit residu, suatu polinukleotida dengan 3 atau residu sedikit, polisakarida dengan 3 atau lebih sedikit residu gula, atau produk alami), dengan ketentuan bahwa koordinat yang disertai dengan representasi dari struktur kovalen dari molekul (konektivitas atom), yang ditugaskan pergeseran kimia NMR, dan hambatan struktural yang digunakan dalam Model pembangkit. The BMRB sekarang berisi arsip data NMR untuk metabolit dan molekul kecil lainnya yang ditemukan dalam sistem biologi.
Kata Kunci: Arsip NMR struktur data, penelitian Metabolomics, NMR, hambatan struktural, terstruktur daerah
Abstract
Biological Magnetic Resonance Bank (BMRB) is a service that plays an important role in the worldwide Protein Data Bank (PDB) and the new policy that affects the NMR data deposition biomolekuler. All deposition data based on NMR structure of GDP must now be accompanied by experimental barriers. The preparation of the scheme allows depositors in determining the structure of the representative and the determination of the residues in these structures so found experimental mostly unstructured. BMRB now accepts coordinate set represents a three-dimensional structural model based on experimental NMR data of biological molecules of interest that is outside the guidelines of the Protein Data Bank (i.e., the molecule is a peptide with 11 or fewer residues, a polinukleotida with 3 or less, a polysaccharide residue with 3 or less residual sugar, or natural products), provided that the coordinates are accompanied by a representation of the Covalent structure of molecules (atom connectivity)chemical shift, NMR, and structural barriers that are used in the Model plant. The archive now contains BMRB NMR data for the metabolites and other small molecules found in biological systems.
Keywords: NMR archive data structures, NMR, Metabolomics research, structural barriers, structured areas
PENDAHULUAN
Era globalisasi mendukung perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi yang semakin canggih. Salah satu bentuk perkembangan teknologi yang cangggih adalah dibentuknya Biological Magnetic Resonance Data Bank (BMRB) yang merupakan halaman Suatu Repositori Data dari Spektroskopi NMR pada Protein, Peptides, Asam nukleat, dan Biomolekul lainnya. Halaman ini dikelola oleh beberapa staff yang tergabung dalam National Library of Medicine. Pada halaman ini ada tersedia banyak menu yang berhubungan dengan bidang Biologi. Salah satu pemicu dibentuknya layanan ini adalah meningkatnya kualitas sumber daya manusia sehingga selalu melakukan percobaan untuk menghasilkan suatu ide baru yang dapat mempermudah pengguna layanan ini untuk akses berbagai ilmu pengetahuan dibidang biologi, kimia, atau keilmuan medis dan komputasi.Biological Magnetic Resonance Data Bank bertujuan untuk memberdayakan para ilmuwan dalam analisis struktur, dinamika, dan kimia sistem biologis.
ISI
Biological Magnetic Resonance Data Bank merupakan halaman Suatu Repositori Data dari Spektroskopi NMR pada Protein, Peptides, Asam nukleat, dan Biomolekul lainnya. Halaman ini dikelola oleh beberapa staff yang tergabung dalam National Library of Medicine. Pada halaman ini ada tersedia banyak menu yang berhubungan dengan bidang Biologi.
Biological Magnetic Resonance Data Bank bertujuan untuk memberdayakan para ilmuwan dalam analisis struktur, dinamika, dan kimia sistem biologis. Dengan adanya halaman ini para pengguna dimudahkan dalam pencarian informasi Biologi. Melalui kolaborasi internasional dan situs miror, BMRB berupaya untuk melibatkan partisipasi kelompok yang lebih luas dari para ilmuwan serta untuk meningkatkan layanan di seluruh dunia, sedangkan dalam kolaborasi dengan Protein Data Bank, BMRB menyediakan link antara spektral data dan koordinat atom yang terkait. BMRB bekerja dengan komunitas pengguna untuk mengembangkan format data yang dapat dikelola oleh komputer dan digunakan untuk generasi pengetahuan yang ada hubungannya dengan informasi dari database lain. Selain itu Biological Magnetic Resonance Data Bank dapat digunakan untuk mengumpulkan, arsip, dan menyebarluaskan data kuantitatif penting seluruh dunia dalam domain publik yang berasal dari NMR spektroskopi penyelidikan biologis makromolekul.
Tampilan home pada link BMRB terdapat beberapa menu yang di dalamnya dapat digunakan untuk berbagai macam kepentingan. Beberapa menu tersebut yaitu : Search, Validation Tools, Deposit Data, Spectroscopists’ Corner, Programmers’ Corner, Metabolomics, Educational Outreach, NMR Data Format, Links to External Sites, BMRB Mirror Sites [1].
1.About BMRB
About BMRB berisikan tentang apa itu BMRB dan menjelaskan tentang deskripsi dari BMRB itu sendiri. Selain itu, about BMRB juga terdapat informasi tentang citing BMRB, News, Funding Cuts and US Biological Database Infrastucture), Mailing list, BMRB Description, dan BMRB Staff.
2.Search
Search merupakan menu yang dapat digunakan untuk mencari suatu data yang terdapat pada BMRB. Dalam menu search yang terdapat pada BMRB, meliputi:
a.Search Archive
b.Query Grid Interface
c.FASTA search
d.New Entries
e.Entries on Hold
f.NMR Time-domain Data
g.NMR Restraints from PDB MR Files
h.Relational Tables
i.Entries relating to human diseases
Semua menu pada search diatas memiliki fungsi yang sama yaitu digunakan untuk mencari segala informasi yang terdapat pada BMRB.
3.Validation Tools
Validation Tools digunakan untuk memeriksa NMR eksperimental data dan struktur file sebelum meng-upload. Didalam Validation Tools terdapat submenu, yaitu :
a.Validation Tools
b.Chemical Shift vs Coordinate nomenclature check
c.Protein structure Validation Suite (PSVS)
d.ICing Validation Package
e.Visualization server dan Check Shift
4.Deposit Data
Deposit data merupakan perangkat lunak yang dapat mengkonversi file data dari berbagai format, termasuk PIPP, XEASY, dan tab-delimited file yang dihasilkan dari spreadsheet yang umum ke format NMR bintang. Dalam menu Deposit Data yang terdapat pada BMRB, meliputi:
a.Deposit Data
b.Data Accepted
c.ADIT-NMR
d.Overview of ADIT-NMR
e.SMSDep
f.Overview of SMSDep
g.Chemical Shift vs Coordinate nomenclature check
h.STARch
i.NMR-STAR Template Generators
j.NMR Statistics
BMRB database berisi data NMR berasal dari biologi molekul. Molekul-molekul ini termasuk, tetapi tidak terbatas pada, peptida, protein dan asam nukleat. NMR data tentang hemes, kofaktor, ligan, polisakarida, atau molekul-molekul biologis relevan lain yang diterima. Data harus ditetapkan secara khusus atom dan dapat disimpan menggunakan ADIT-NMR.
5. Spectroscopists’ Corner
Menjelaskan tentang prosedur untuk deposito perangkat lunak dan makro di BMRB, alat konversi format, alat validasi dan layanan. Dan didalam Spectroscopists' Corner terdapat beberapa menu, meliputi:
a.Spectroscopists' Corner
b.Published studies utilizing the BMRB database
c.Defined Standards
d.NMR Experiments
e.NMR Software
f.Wishart Research Group webservers
g.Academic and commercial software
6.Programmers' Corner
BMRB dan komunitas NMR telah mengembangkan dan membuat koleksi perangkat lunak kode untuk memanipulasi NMR file data, data dan pengembangan eksperimen RMN. Kode disediakan "sebagaimana adanya" dan tanpa jaminan apapun. Beberapa submenu yang terdapat pada Programmers' Corner yaitu meliputi :
a.Programmers' Corner
b.Submitting pulse programs
c.Pystarlib
d.Starlib
e.Starlibj.jar
f.Starlibj documentation
g.SANS parsers
SANS ini berbasis callback bintang parsers mirip SAX. Parsers ini dapat digunakan untuk memvalidasi NMR bintang sintaks. Versi Java, PHP, C++ dan Python tersedia, beberapa meliputi mmCIF parsers serta NMR bintang.
7.Metabolomics
Metabolomics adalah studi tentang bagaimana profil metabolik sistem biologis kompleks perubahan dalam menggapai tekanan seperti penyakit, paparan racun atau perubahan diet. Database Metabolomics melayani informasi mengenai katalog besar metabolit yang dihadapi dalam jalur metabolisme. Tujuan dari metabolomik adalah untuk katalog dan menghitung molekul kecil segudang ditemukan dalam cairan biologis dalam kondisi yang berbeda. Didalam menu Metabolomics terdapat beberapa submenu, yaitu :
a. Metabolomics Home
b. Standart Compounds
c.NMR Peaks Query
d.Molecular Mass Calculator
e.Find Formula/Molecule by Mass
f. Heuristically Determined Formula by Mass
g. Metabolomics websites
h.Bulk archives
i.Data Upload
j. Data policy
8. Educational Outreach
Dalam istilah yang sangat luas dan penjangkauan yang meluas, dampak dari penyiaran publik melalui berbagai media layanan, bahan-bahan pendidikan dan aktivitas-aktivitas kolaboratif yang dirancang untuk melibatkan individu dan mendorong partisipasi masyarakat dalam mengatasi isu-isu yang menjadi perhatian.
Dalam menu Educational Outreach yang terdapat pada BMRB, meliputi:
a.Educational Outreach
b.Molecular Highlights
c.Macromolecular NMR
d.Solid State NMR
e.NMR Acronyms
f.Molecular Images
9.NMR Data Formats
NMR Data Formats merupakan format data suatu file yang biasa digunakan untuk menyimpan atau bertukar data. Didalam menu NMR Data Formats terdapat beberapa submenu meliputi NMR Data Formats, IUPAC 1997, IUPAC 1998, IUPAC 2001, IUPAC 2008, NMR-STAR 3.1 ( Dictionary dan Documentation), NMR 2.1 (Complete Annotated dan Schema), PDB eXchange Dictionary, Publications Describing the Star Format, CCPN Data Model dan PDB File Format.
10. Link to External Sites
Menjelaskan tentang penyatuan tim pelengkap penelitian di daerah struktural biologi dan ilmu kehidupan menjadi sebuah komunitas virtual penelitian di tingkat dunia dan menyediakan mereka dengan platform mengintegrasikan dan merampingkan pendekatan komputasi yang diperlukan untuk analisis data NMR dan SAXS dan pemodelan struktural. Dalam menu ini terdapat beberapa link dalam BMRB, meliputi:
a.Useful NMR Links
b.NMR Wiki
c.WeNMR
Kesimpulan
Biological Magnetic Resonance Data Bank merupakan halaman yang digunakan untuk mengumpulkan, arsip, dan menyebarluaskan data kuantitatif penting seluruh dunia dalam domain publik yang berasal dari NMR spektroskopi penyelidikan biologis makromolekul. Tujuan BMRB adalah untuk memberdayakan para ilmuwan dalam analisis struktur, dinamika, dan kimia sistem biologis. Di halaman BMRB sendiri terdapat banyak menu yang disajikan diantaranya About BMRB, Search, Validation Tools, DepositData,Spectroscopists’Corner,Programmers'Corner,Metabolomics,Educational Outreach, NMR Data Formats dan Link to External Sites.
Sumber:
[1] “John.L.Markley:MagResBank.”[Online].Available:http://www.researchgate.net/publication/5564530_BioMagResBank_(BMRB)_as_a_partner_in_the_Worldwide_Protein_Data_Bank_(wwPDB)_new_policies_affecting_biomolecular_NMR_depositions. [Accessed: 19-Feb-2014].
[2] “BMRB Kimia Statistik Shift.”[Online].Available: http://www.bmrb.wisc.edu/ref_info/.[Accessed:19-Feb-2014].
Artikel ini merupakan salah satu tugas Pengantar Teknologi Informasi (PTI) Jurusan "KIMIA"
Tidak ada komentar:
Posting Komentar